Les membres du Conseil d’administration sont bénévoles, à l’exception du Président. Ce dernier suit au quotidien les opérations de secours menées par MSF, en lien avec la direction exécutive, et joue un rôle déterminant dans la communication publique de l’association, dont il est le porte-parole principal. Il travaille à temps plein au siège de l’organisation et est donc rémunéré.
En 2018, la 47ème Assemblée générale de Médecins Sans Frontières s'est tenue les 9 et 10 juin à Paris et a élu un nouveau Conseil d'administration :
Président : Dr Mego TERZIAN
Vice-présidents : Guillaume LE GALLAIS et Dr Véronique URBANIAK
Trésorier : Michel COJEAN
Secrétaire général : Gabriel TRUJILLO
Membres :
Dr Michel ALLARD - Dr Isabelle ANDRIEUX-MEYER - Dr Jean BRANELLEC - Sylvie CUSSET - Emmanuel DROUHIN - Dr Luc FREJACQUES - Denis GOUZERH - Xavier LASSALLE - Yann MENS - Anne YZEBE
Représentants des sections partenaires :
MSF USA : Dr John LAWRENCE
MSF Australie : Dr Stewart CONDON
MSF Japon : Dr Hiroyuki KATO
Le Conseil d'administration est élu par les adhérents de MSF. Il s’assure que les actions entreprises par la direction exécutive sont conformes aux missions sociales de l’association. Il est également responsable de la bonne utilisation des fonds de MSF. Chaque année, le Conseil d’administration soumet au vote des membres de l’association un rapport moral et un rapport financier, présentés lors de l’assemblée générale respectivement par le président et le trésorier.