Lorsque MSF décide d'intervenir au Népal, c'est dans l'objectif de soigner les populations victimes du conflit qui opposait, depuis 1996, la guérilla maoïste et le régime monarchique. Dans les zones montagneuses contrôlées et gouvernées par les maoïstes, l'accès aux soins leur était difficile.

MSF a commencé à travailler dans l'hôpital du district de Rukum, en zone gouvernementale, début 2003, puis est parvenu à négocier un espace de travail en zones sous contrôle maoïste, en juillet 2005. Deux dispensaires ont alors été ouverts.

En novembre 2006, les parties au conflit concluent un cessez-le-feu, suivi d’un retour à un régime parlementaire. Cette évolution rend largement possibles les déplacements et permet une nette amélioration de l'accès aux soins. En conséquence, MSF a décidé de mettre fin à ses activités à la mi-2007.MSF était présent au Népal depuis 2002.

Dépenses 2007 : 506.765 €
Financements : 100 % privés
Equipe : 3 internationaux et 50 nationaux
Autre section MSF présente : hollandaise (assistance aux populations touchées par le conflit dans l'ouest du pays, à Kalikot).