En 2009, la violence a continué de s'accroître dans tout le pays : les combats se sont intensifiés et les attaques sur les installations civiles se sont multipliées. Deux à trois millions de personnes ont été déplacées par les affrontements dans la province de la Frontière Nord-Ouest (NWFP) et les zones tribales sous administration fédérale (FATA). Certains d'entre eux ont formé des camps tandis que la majorité a trouvé refuge chez l'habitant ou dans des abris improvisés. Pendant ce temps, les attentats à la bombe ont tué et blessé des milliers de personnes dans les principales villes du pays.

Les équipes de MSF ont été directement touchées par cette escalade de violence : trois membres du personnel ont été tués en 2009. En février, deux travailleurs médicaux de la section belge de MSF ont été tués par balle alors qu'ils allaient porter secours à des civils blessés au cours de combats dans le district de Swat, dans des ambulances clairement identifiées. Quelques mois plus tard, l'explosion d'une bombe au marché de Peshawar a accidentellement tué un chauffeur de la section française de MSF, et son frère.

Malgré les difficultés liées à l'insécurité et aux restrictions de déplacements, les équipes MSF de toutes les sections ont délivré gratuitement des soins d'urgence et des secours dans plus d'une douzaine de sites de la province du Balochistan, dans la NWFP et les FATA. Elles ont notamment apporté une aide médicale aux populations déplacées par le conflit, aux blessés de guerre et aux communautés victimes d‘épidémies, et délivré des soins de santé maternelle et infantile dans des régions parmi les plus pauvres du pays.